Juan Román Riquelme y el Consejo de Fútbol tendrían decidido que el nuevo DT de Boca sea Sebastián Battaglia. El ex mediocampista multicampeón con el "Xeneize" y actual entrenador de la Reserva, pero ya estuvo a cargo de la Primera cuando Russo estuvo aislado. Fueron dos partidos con juveniles. En el primero empató con Banfield y en el segundo, que contó con los colombianos Frank Fabra y Edwin Cardona como refuerzos, cayó ante San Lorenzo.

En abril de 2013, después de una serie de lesiones que no le permitieron jugar con plenitud en los últimos años de su carrera, Battaglia anunciaba su retiro del fútbol. Cinco años después, a sus 37, el ex jugador de Boca -el más ganador en la historia del Xeneize- hizo su presentación como técnico de Almagro en la Primera B Nacional.

El 17 de marzo de 2018, a pesar de que Almagro sumaba 30 puntos en 19 fechas, Alfredo Grelak renunció en el vestuario tricolor tras el empate 1-1 ante San Martín de Tucumán. Sólo tres días después, Sebastián Battaglia asumía como entrenador del conjunto de José Ingenieros.

Su primera prueba como entrenador fue por la fecha 21 ante Instituto, en Córdoba: 0-0 y Almagro seguía soñando con el ascenso después de 13 años. Una semana más tarde su equipo goleó 3-0 a Juventud Unida y ratificó el buen juego en la fecha 23 al vencer 2-0 a Agropecuario. En la jornada 24 el Tricolor derrotó 2-1 a Flandria y se ubicó primero de la B Nacional con 40 puntos y la chance de volver a Primera, pero igualó 0-0 en Puerto Madryn contra Guillermo Brown y tuvo que jugar, cuatro días después, una final desempate frente a Aldosivi en la que terminó cayendo por 3-1. El ciclo de Battaglia terminaría tres días después de perder la tercera y última chance: pese a contar con ventaja deportiva, su equipo fue eliminado en los cuartos de final del Reducido, como local, tras caer 2-0 ante Agropecuario.

En total en Almagro, Battaglia dirigió siete partidos en los que consiguió tres victorias, dos empates y dos derrotas.